水性漆對存儲和搬運方面有一些特殊的要求。因為水的本性致使水性漆對溫度非常敏感，如果水性漆存儲在零度以下的環境內，油漆的可溶解性就會發生變化，因而導致油漆中的一些重要成分發生沉淀。在這種情況下，水性漆會變得不均勻并可能會析出晶粒。即使對這樣的水性漆再加熱，也無法使其回復到均勻的狀態，油漆的特性將會被徹底破壞。另一方面，由于油漆內含有水，水會對傳統存儲油漆的容器進行腐蝕，同時油漆本身容易受二價鐵離子的影響而改變其流變性能。這就要求所有存儲水性油漆的容器必須是不銹鋼或者塑料制成。

溫度條件為5～30℃，在運輸過程中需要根據環境溫度進行加熱或冷卻，進行運輸的車輛必須能進行控溫，水性漆存儲區域和調漆間都必須其有溫控功能。

通常來說，水性漆可以穩定地存放3個月，超過這一時間則需要對油漆進行重新評估，否則無法保證噴涂質量。具體的保存時間可能因不同的油漆供應商而略有不同。

對調漆間來說，環境溫度應該控制在20～28℃，必要的時候可以使用熱交換器來保持油漆溫度。所以最佳的存儲和運輸方式就是讓水性漆始終處于相對恒定的溫度下，這樣在添加新油漆的時候就不需要進行溫度調整了。

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